Курс «Биоинформатика рака» включает в себя введение в клеточную и молекулярную биологию опухолей, ознакомление с клинической и экспериментальной онкологии в объеме, необходимом и достаточном для того, чтобы ориентироваться в соответствующих проблемах и квалифицированно взаимодействовать с исследователями, работающими в области клинической и экспериментальной онкологии
Первая часть курса “Биоинформатика рака” направлена на формирование систематизированных знаний в области общей онкологии. В рамках дисциплины будут изучены причины и механизмы канцерогенеза, биологические и клинические проявления опухолей, их молекулярные механизмы, будет дано представление о сложности и многообразии этих механизмов, а также о современных подходах к диагностике и лечению опухолей в клинике и изучению в эксперименте. Отдельный акцент сделан изучении взаимодействии опухолевых клеток с их микроокружением, а также на экспериментальных моделях опухолевого роста.
Курс начинается с введения и характеристики свойств злокачественных и доброкачественных опухолей, причем дается описание не абстрактного «рака», а краткая характеристика различных гистологических форм опухолей, чтобы создать у слушателей понимание многообразия опухолевых болезней.
Центральная часть курса посвящена изложению данных о внутриклеточных сигнальных путях, нарушения которых приводят к озлокачествлению клеток. Подробно разбираются молекулярные механизмы неограниченной автономной пролиферации, инвазивного роста и метастазирования и современные подходы к управлению этими процессами. Обсуждаются спорные вопросы, связанные с иммунологией и иммунотерапией, а также этиология опухолей и связанные с ней возможности профилактики.
В отличие от многих подобных курсов (в которых обычно излагается только молекулярная или только клиническая онкология), в данном учебном цикле, наряду с молекулярной, значительное место посвящено обзору клинической онкологии, чтобы учащиеся смогли получить представление о современном состоянии диагностики, лечения злокачественных опухолей и наблюдении за онкологическими больными. Дается характеристика возможностей и границ применения как традиционных способов лечения опухолей (хирургические методы, лучевая и цитостатическая химиотерапия), так и современной таргетной терапии, с подробным обсуждением персонализированной онкологии, в которой биоинформатичексие подходы уже транслируются в клинику. Довольно кратко, но всесторонне освещаются современные подходы к моделированию опухолевой болезни в эксперименте, как для изучения свойств опухолевых клеток, так и для разработки экспериментельной терапии.
Вторая часть курса «Биоинформатика рака» будет посвящена биоинформатическим подходам к анализу данных онкологий разного генеза. Она будет основываться на уже имеющихся знаниях из курса «Основы NGS» с особым акцентом на современные стандарты анализа, принятые в современной клинической и научной практике. Будут затронуты как довольно классические для области топики (коллинг соматических вариантов, поиск изменения числа копийности), так и те, которые только начинают набирать популярность (анализ числа копийности на уровне одиночных клеток и деконволюция секвенирования РНК с целью описания иммунного микроокруженя опухолей).
В результате прослушивания обеих частей курса слушатели познакомятся как с молекулярными механизмами возникновения и прогрессии опухолей, так и будут иметь представление о биоинформатических методах, используемых для назначения лучшего из имеющихся на данный момент лечений. Специалисты с такими компетенциями важны как в окнологических и исследовательских центрах, так и в индустрии.
Преподаватели
- Василий Манских