Курс включает в себя две части.
Первая часть посвящена классической иммунологии. В рамках первой части будет рассмотрено строение лимфатической системы человека, развитие иммунной системы человека во внутриутробном периоде, разнообразие клеток иммунной системы. Подробно будут рассмотрены особенности функционирования врожденного и адаптивного иммунитета, их взаимодействие. Будут обсуждаться пути передачи информации о природе патогена от клеток врожденного иммунитета до клеток адаптивного иммунитета, механизм принятия решения о запуске иммунного ответа типа Th1, Th2, Th17, эффекторные функции соответствующих Т-хелперов, а также роль цитокинов в различных типах иммунного ответа.
Отдельно обсуждается иммунный ответ, протекающий в легких и ЖКТ, рассматривается функционирование системы комплемента и отношения между комменсальной микрофлорой кишечника и иммунной системой.
Рассматривается механизм презентации антигенов, строение молекул МНС, их разнообразие, номенклатура и детальное строение генов.
Детально будет рассматриваться сборка BCR и TCR, VDJ рекомбинация, этапы созревания о селекции В- и Т-клеток. Рассматривается строение ТCR и BCR, а также строение их генов, изотипы антител и их функции, механизм смены изотипа и процесс гипермутагенеза. Будет рассмотрена связь В- и Т-клеточного иммунного ответа, а также различные патологии, связанные с нарушением В- и Т-клеточного ответа.
Отдельной лекцией будут освещаться неканонические иммунные клетки, такие как NKT, iNKT, MAIT, γδ T клетки.
На семинарских занятиях первой части курса будут проводиться журнальные клубы на темы, дополняющие лекционный материал, а также рассматриваться прикладные задачи иммунологии такие как анализ результатов проточной цитометрии и сборка BCR внутри клетки.
Вторая часть посвящена вычислительной иммунологии. В рамках второй части будут рассмотрены особенности секвенирования TCR, BCR, методы анализа Т- и В-клеточных репертуаров, методы кластеризация последовательностей CDR3, построение деревьев гипермутаций.
Отдельной темой будут рассмотрены вероятностные модели сборки и селекции ТСR и их применение к различным задачам иммунологии, в частности к поиску антигенспецифических ТCR с помощью алгоритма ALICE.
Также будут рассмотрены различные методы решающие задачу предсказания специфичности взаимодействия эпитопов с MHC I, MHC II.
Большой блок лекционных и практических занятий также будет посвящен изучению анализа выживаемости как классическими статистическими методами, так и с использованием классических методов машинного обучения и нейронных сетей.
Преподаватели
- Илья Дюгай